Günümüzde sadece kalıntıları gözlemlenen yapı, 1922 yılındaki Yunan işgaline kadar İznik’te aktif olarak kullanılan ve ayakta duran bir mabetti. Kilisenin bulunduğu alan, Cumhuriyet dönemine kadar Hristiyan mahallesi olarak geçmekteydi. Bu alanda yapılan kazı çalışmalarında ele geçen plastik bezemelerden yola çıkarak kilisenin Hyakinthos Manastırı içerisinde yer alan yapılardan biri olduğu düşünülmektedir.

Koimesis Kilisesi yıkılmadan önce İznik’i ziyaret eden seyyah ve araştırmacılar tarafından belgelenmiştir. Yapı 22,5x21 metre ölçülerinde, kiborion planlı bir kilise planına sahiptir. Kilisenin günümüzde temel kalıntıları korunuyor olmasına karşın gerçekleştirilen belgeleme çalışmalarından mimari özellikleri anlaşılmaktadır. Kilisenin narteks bölümüne, batı yönünden üç kapılı bir giriş vardır. Bu bölüm iki kemerle üç bölüme ayrılmıştır. Naos bölümüne ve yan neflere birer kapıyla geçilmektedir. Kare bir mekâna sahip naos bölümü, dört masif ayakla taşınan bir kubbeyle örtülüdür. Ayaklar arasında oluşturulan kısa haç kollarıyla naos’da bir genişleme sağlanmıştır. Naos ile yan mekânlar arasında iki sütunlu üç açıklıklı bir düzenleme yapılmıştır. Naos’un doğusunda enine dikdörtgen bema yer alır. Buradan pastophoria odalarına geçişler bulunmaktadır. Yedi basamaklı synthranon’a sahip ana apsis içten yuvarlak, dıştan üç köşelidir. Her yüzünde birer pencere açıklığı vardır. Naos’un iki yanında uzunlamasına dikdörtgen yan nefler yer alır. Yapı inşa edildiği dönemden itibaren çeşitli onarım ve eklemeler görmüştür.

Kilisenin, yıkılmadan önce yapılan belgelemelerle, iç bölümünde dört farklı döneme ait mozaiklerin bulunduğu bilinmektedir. Bunlar; kilisenin apsis yarım kubbesinde, bema kemerinde, narteks’inde ve naos’un doğu ayaklarında yer almaktaydı. Apsis yarım kubbesinde Meryem ve Çocuk İsa mozaiği, Bema kemerinde melek tasvirlerinden Arkhe ve Dynamis, narteks’inde ve naos’un doğu ayaklarında orans vaziyette Meryem mozaiği bulunmaktaydı.

Kilisenin tarihi ile ilgili araştırmacılar tarafından yapılan değerlendirmelerde farklı tarih önerileri bulunmasına karşın, ilk inşa evresinin MS 6.-8. yüzyıl arasına tarihlendirildiği görülmektedir.