Bayezid Paşa tarafından 15. yüzyılın ilk çeyreğinde Yeşil’de kendi adına yaptırdığı cami ve medresesine gelir getirmek üzere yaptırılmıştır. Bayezid Paşa, Çelebi Sultan Mehmed’in veziridir.

Osmanlılar’dan önce Bizans döneminde “Taht-El Kale” olarak geçen bölge atların bağlandığı ve atlar için revir olarak kullanılan bir yerdi. Osmanlı dönemi ile birlikte şehrin kale dışına taşınmaya başlanmasıyla bu bölgede bir mahalle ve çarşı ortaya çıkmıştır. “Taht-el-kale” isminden dönüşen Tahtakale ismi “Kale Altı” anlamına gelmektedir. Eskiden sebze ve meyve satılan yerlere Tahtakale denildiği bilinmektedir. Ayrıca köylüler ayran ve yoğurt getirip burada sattıkları için “Yoğurt Hanı” olarak da anılmıştır. Han, “Bayezid Paşa Hanı” olarak da bilinmektedir.

İki katlı hanın alt katında 21, üst katında 25 odasının bulunduğu tarihi belgelerden anlaşılmaktadır. Günümüzde hanın doğusundaki odaların iki katı, güneydeki odaların ise sadece alt katları ayakta kalmıştır.