Kütahya Hanı’nın yapım tarihi ve yaptıranı hakkında kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte; bazı kaynaklarda Yıldırım Bayezid'in damadı Emir Sultan'ın vakfı olduğu yazmaktadır. Bu bilgi doğrultusunda yapının 15. yüzyılın başlarında inşa edilmiş olabileceği düşünülmektedir. 1638 tarihli bir kayıtta han,  “Kite Hanı” adıyla anılmıştır. Ayrıca Kütahya Hanı, halk arasında “Çukur Han” olarak da bilinmektedir.

Han iki katlı olup odaları klasik han planına uygun olarak açık bir avlu etrafında sıralanmaktadır.

Üç tarafı sokaklarla çevrelenmiş yapının zemin katında, batı ve kuzey cephelerde birer eyvan şeklinde dışa açılan dükkânlar yer almaktadır. Hanın doğusunda, avluya açık olarak konumlanmış ahırlar bölümü bulunmaktaydı.

Yapı son olarak Bursa Büyükşehir Belediyesi tarafından 2013 yılında restore edilmiştir.