Fatih Sultan Mehmed ve II. Bayezid dönemi devlet adamlarından Hamza Bey’in oğlu Bali Bey tarafından, Yenişehir’deki cami ve imaretten oluşan külliyesine gelir getirmek amacıyla inşa ettirilmiştir. 

Ticaret yapılarının yoğun olarak bulunduğu Tarihi Çarşı ve Hanlar Bölgesi’nin en batısında yer alan Balibey Hanı, 19. yüzyıl’da “Vasıf Paşa Hanı” adıyla da anılmıştır. Kuzeydoğuya meyilli bir alan üzerine inşa edilmiş olan yapının doğusu iki, batısında yamaca yaslanmış durumdaki bölümü ise üç katlıdır.Bursa’daki hanlar içinde, üç katlı olarak inşa edilmiş tek handır. Hanın, üç katlı olarak ve avlusunun çevresindeki tüm katların revaklı bir düzenlemeyle tasarlanması dönemi için oldukça ileri bir uygulamadır. Han, 20. yüzyıl başlarında posta arabalarının konaklaması için kullanılmış ve kentin posta hizmetlerini görmüş, sonraki yıllarda bazı bölümleri sığınak ve kahvehane olarak kullanılmıştır.

Yapının ortaya çıkarılması için 1984 yılında başlatılan çalışmalar sonunda, 2006-2009 yılları arasında Bursa Büyükşehir Belediyesi tarafından restore edilmiştir.